Установка OpenMRS (Open Medical Record System) на Debian/Ubuntu/Mint

Установка OpenMRS (Open Medical Record System) на Debian/Ubuntu/Mint

Вчера заказчик попросил установить OpenMRS, по этому, я хочу написать статью «Установка OpenMRS (Open Medical Record System) на Debian/Ubuntu/Mint» по установке и настройке данной системе. Я сталкиваюсь с ней в первый, опишу что и как нужно делать чтобы в следующий раз быстренько все установить.

OpenMRS является совместным проектом с открытым исходным кодом для разработки программного обеспечения для поддержки качества медицинского обслуживания в развивающихся странах. Она выросла из критической необходимостью активизировать лечение ВИЧ-инфекции в Африке, но с самого начала она была задумана для общего назначения электронных медицинских записей, которые могли бы поддержать полный спектр медицинских процедур.

Перед установкой OpenMRS, вы должны установить Java 1.6, сервер MySQL и Apache Tomcat 6 на сервер. Будьте внимательны в том что OpenMRS не поддерживает Java 1.7 и Tomcat 7 или более поздней версии, так что не устанавливайте их, а если уже установили, то удалите их.

Для установки Java на вашем сервере Ubuntu или Debian , выполните следующие действия:

Теперь, у нас есть JDK 6. Затем установите сервер MySQL и Tomcat следующим образом. Чтобы установить, MySQL на Ubuntu, откройте терминал и выполните следующую команду:

Во время установки MySQL, вам будет предложено установить MySQL root пароль. По этому придумайте или сгенерируйте его, потом введите пароль в поле. Так же введите еще 1 раз пароль повторно.

Теперь, давайте установить Tomcat следующим образом:

Вы можете перейти на главную страницу Apache Tomcat, используя URL-адрес:
http://_your_ip_address:8080

<img title=»Apache Tomcat » src=»http://180016988.r.cdn77.net/wp-content/uploads/2014/06/Apache-Tomcat-Mozilla-Firefox_0031.png» alt=»Apache Tomcat » width=»1280″ height=»776″ />

По соображениям безопасности, используя менеджер веб-приложение нужно ограничить пользователей с ролью «менеджер». host-manager- веб-приложение ограничивающее пользователей с ролью «администратора». Пользователи определены в /etc/tomcat6/tomcat-users.xml. Давайте включим пользователя «администратор», чтобы развернуть OpenMRS из окна Tomcat Manager:







# vim /etc/tomcat6/tomcat-users.xml

4 lines









[...]


<role rolename="manager"/>


<user name="admin" password="S6746N3w" roles="manager" />


[...]

Перезапуск службы Tomcat.







#·sudo service tomcat6 restart

Теперь, вы можете получить доступ к менеджеру Tomcat, используя URL:
http://your_ip_address:port/manager/html

Введите имя пользователя и пароль, которые мы определили в файле tomcat-users.xml.

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/vvod-logina-i-parolya-v-menedzher-tomcat.png» alt=»ввод логина и пароля в менеджер tomcat» width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/vvod-logina-i-parolya-v-menedzher-tomcat.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/vvod-logina-i-parolya-v-menedzher-tomcat-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/vvod-logina-i-parolya-v-menedzher-tomcat-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/vvod-logina-i-parolya-v-menedzher-tomcat-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

На рисунке что ниже, представленный мой tomcat manager. Отсюда, мы можем развернуть OpenMRS.

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/tomcat-manager.png» alt=»tomcat manager» width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/tomcat-manager.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/tomcat-manager-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/tomcat-manager-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/tomcat-manager-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

Установка OpenMRS

Переходим на страницу загрузки OpenMRS и скачиваем предприятие OpenMRS (openmrs.war файл) последней версии. Создайте директорию для OpenMRS, и измените владельца этого каталога для пользователя tomcat6:

2 lines








#·sudo mkdir /usr/share/tomcat6/.OpenMRS/
# sudo chown -R tomcat6 /usr/share/tomcat6/.OpenMRS/

После загрузки файла openmrs.war, необходимо открыть диспетчер tomcat, используя URL http://your_ip_address:8080/manager/html. Перейдите в раздел Deploy, и укажите путь к файлу openmrs.war. Нажмите кнопку Deploy чтобы начать развертывание OpenMRS, как показано на рисунке ниже.

<img aria-describedby= >развертывание openMRS

Это займет определенное время, по этому ждем минут наверное 10-15. После чего вы должны увидеть:

<img aria-describedby= >manager tomcat с openMRS

Нажмите на OpenMRS ссылку /openmrs в разделе Application или перейдите на http://your_ip_address:8080/openmrs чтобы приступить к установке. На следующем скриншоте выбираем нужный нам язык ( я выбрал английский).

<img aria-describedby= >установка OpenMRS (выбор языка)

Выберите тип вашего установке и нажмите кнопку «Стрелка вперед». OpenMRS имеет три типа установки называется Simple, Advanced и Testing соответственно.

Simple Installation (Простая установка):

Эта опция позволяет устанавливать OpenMRS путем создания новой базы данных с демонстрационными данными. Это подходит, чтобы опробовать систему на локальном компьютере. Для этой опции требуется сервер MySQL который работает на локальной машине, слушая адрес локального хоста. Вам нужно будет предоставить пароль суперпользователя MySQL.

Advanced Installation (Расширенная установка):

Эта опция позволяет вам выбрать адрес базы данных, имя и т.д., и настроить все параметры установки. Выберите этот вариант, если вы устанавливаете OpenMRS в производственной среде.

Testing Installation (Тестирование Установка):

Эта опция позволяет копировать данные из рабочей базы данных и upgrade/test версию OpenMRS в безопасном / отдельном режиме (safe/separate).

Как я хочу, чтобы проверить его на моей локальной машине, я выбрал 1-й тип установки.

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-simple.png» alt=»openMRS simple» width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-simple.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-simple-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-simple-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-simple-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

Введите пароль от MySQL суперпользователя . Запишите имя пользователя / пароль от OpenMRS по умолчанию . Вы должны изменить учетные данные по умолчанию сразу же после входа в систему (adminAdmin123). Если вы хотите добавить демонстрационные данные в базу данных, выберите «yes» и нажмите кнопку «Стрелка вперед». Собственно я это и сделал:

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-vvod-parolya-ot-mysql.png» alt=»openMRS ввод пароля от mysql» width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-vvod-parolya-ot-mysql.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-vvod-parolya-ot-mysql-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-vvod-parolya-ot-mysql-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-vvod-parolya-ot-mysql-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

Теперь, все необходимые входные было собрано и готово к обработке. Нажмите кнопку со стрелкой вправо, чтобы создать таблицы, данные и т.д. Это может занять до нескольких минут.

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-2.png» alt=»openMRS 2″ width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-2.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-2-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-2-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/openMRS-2-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

Установка OpenMRS началася.

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/protsess-ustanovki-openMRS.png» alt=»процесс установки openMRS» width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/protsess-ustanovki-openMRS.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/protsess-ustanovki-openMRS-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/protsess-ustanovki-openMRS-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/protsess-ustanovki-openMRS-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

После завершения, вы попадете на главный экран OpenMRS. Введите имя пользователя и пароль. Как я уже говорил, по умолчанию имя пользователя / пароль — admin/Admin123. Вводим эти данные и входим в нашу систему, сейчас поменяем пароль по умолчанию. В качестве меры предосторожности, мы должны изменить административный пароль пользователя по умолчанию. Чтобы сделать это, перейдите в свой профиль в верхнем правом углу панели. Перейдите во вкладку «change login Info», и ввести старый пароль и новый пароль дважды.

<img aria-describedby= >изменение пароля в OpenMRS

Теперь выйдите из системы и войдите обратно в OpenMRS уже с новым паролем. Перейти в раздел администрирования. Отсюда вы можете создать / управлять пользователями & пациентами, посещениями пациентов, приказами, программы и все виды административных задач, связанных с больницей.

<img loading=»lazy» src=»http://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/OpenMRS-Administration.png» alt=»OpenMRS Administration» width=»1280″ height=»776″ srcset=»https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/OpenMRS-Administration.png 1280w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/OpenMRS-Administration-300×181.png 300w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/OpenMRS-Administration-1024×620.png 1024w, https://linux-notes.org/wp-content/uploads/2014/10/OpenMRS-Administration-900×545.png 900w» sizes=»(max-width: 1280px) 100vw, 1280px» />

Возникла проблема о нехватки памяти для Tomcat и Java. Решаем это следующим образом:







#·sudo vim /etc/default/tomcat6

ищем (у меня это 21-я строка):








JAVA_OPTS="-Djava.awt.headless=true -Xmx128m -:+UseConcMarkSweepGC"

И делаем замену на :








JAVA_OPTS="-Djava.awt.headless=true -Xms1024m -Xmx2048m -:+UseConcMarkSweepGC"

Сохраняемся и перезагружаем сервер tomcat:







#·sudo service tomcat6 restart

Можно решить еще одним способом эту проблему, нужно открыть файл setenv.sh он находится в /tomcat/bin и добавляем в него:







# vim·/usr/share/tomcat6/bin/setenv.sh

2 lines








#!/bin/sh

export CATALINA_OPTS="-Xms1024m -Xmx2048m"

Выставим права и владельца на файл:

2 lines








#·chmod +x setenv.sh
#·chown tomcat6:tomcat6 setenv.sh

Открываем файл catalina.sh, и обавляем setenv.sh:







# vim·/usr/share/tomcat6/bin/catalina.sh

6 lines








CLASSPATH=

if [ -r "$CATALINA_BASE/bin/setenv.sh" ]; then

. "$CATALINA_BASE/bin/setenv.sh"


elif [ -r "$CATALINA_HOME/bin/setenv.sh" ]; then

. "$CATALINA_HOME/bin/setenv.sh"

fi

Перезапускаем tomcat:







#·sudo service tomcat6 restart

PS: Больше информации я предоставлю попозже или пишите в комментариях и я постараюсь помочь.

Вот и все, я завершил данную статью «Установка OpenMRS (Open Medical Record System) на Debian/Ubuntu/Mint», можете использовать ее.

Было ли это полезно?

0 / 0